Die Erde steht in der Zukunft kurz davor, völlig zerstört und somit unbewohnbar zu werden, deshalb wird gerade das letzte Raumschiff mit dem Namen „Die Arche“ mit 300.000 Menschen gefüllt, um nach New Earth aufzubrechen. Noah (Cody Kearsley) hat sich an Bord geschmuggelt und gibt sich als Mechaniker aus, während seine schwangere Freundin Hayley (Kassandra Clementi) für die Reise in einen künstlichen Tiefschlaf versetzt wird.
Sein älterer Kollege Clay (Bruce Willis) nimmt sich um Noah an und nach anfänglichen Unstimmigkeiten, freunden sich die zwei Männer langsam an. Zusammenhalt ist auch nötig, denn an Bord treibt plötzlich ein Alien sein Unwesen und diese Kreatur übernimmt nach und nach immer mehr Mitglieder der Besatzung und verwandelt sie in eiskalte Killermaschinen. Da das ärztliche Personal rund um Chambers (Rachel Nichols) auch keine Lösung hat, wird es Zeit den Admiral (Thomas Jane) aus dem Cryo-Schlaf zu holen.