Im Jahre 2029 sind Mutanten nicht zuletzt wegen eines von der Firma Transigen entwickelten Virus, so gut wie ausgestorben. Logan (Hugh Jackman) ist mittlerweile sehr alt geworden, was sich auch auf seine Selbstheilungskräfte auswirkt, die immer mehr nachlassen. Er verdient sein Geld als Chauffeur und lebt zurückgezogen gemeinsam mit dem Mutanten Caliban (Stephen Merchant), in einer stillgelegten Fabrik nahe der mexikanischen Grenze.
Dort kümmert er sich um den senilen Charles Xavier (Patrick Stewart), um dessen auf Grund seiner psychischen Kräfte Menschenleben gefährdende Anfälle, mit Hilfe von Medikamenten unter Kontrolle zu halten. Eines Tages kontaktiert ihn eine ehemalige Krankenschwester von Transigen und bietet ihm viel Geld, damit er ein junges Mädchen namens Laura (Dafne Keen) nach North Dakota zu einem Ort namens Eden bringt…