Mario und sein Bruder Luigi haben gemeinsam eine Klempner-Firma. Sie haben noch keinen großen Erfolg, versuchen aber, ihren Enthusiasmus als Superheldentum zu verkaufen. Läuft trotzdem nicht besonders gut. Dann passiert ein Unfall, ein großer Wasserrohrbruch und die beiden steigen in die Kanalisation, finden dort einen seltsamen Raum und werden in ein Rohr gesaugt und in eine Parallelwelt transportiert.
Dort werden die beiden getrennt und Luigi landet bei Bowser, einer bösen, gemeinen … Schildkröte, welche die Welt beherrschen will, weil … nun, das findet selbst raus. Und Mario landet im Pilz-Königreich und dort regiert Prinzessin Peach.
Und wie alle wissen, ist Bowser auf dem Weg zum Pilzkönigreich, um es zu unterwerfen. Also fasst Peach den Plan, die Kong-Armee zu rekrutieren und weil Mario mittlerweile weiß, dass Luigi im Bowser-Land ist, schließt er sich an, um ihr zu helfen …