Auch nachdem die Ice Age-Truppe so einiges durchgemacht hat ist nicht alles eitel Wonne: Manny hat Probleme mit pubertierendem Nachwuchs. Diego fühlt sich leider immer weniger wie ein Säbelzahntiger und ist irgendwie allein. Und Sid, nun, Sid wird von seiner Familie gefunden, die gleich mal die alte Granny bei ihm ablädt und wieder abhaut – denn riesengroße Erdmassen verschieben sich. Die Welt ist – im wahrsten Sinne des Wortes – im Umbruch.
Und alles nur, weil ein kleines, nussliebendes Tierchen am falschen Ende der Welt ein Versteck für eben jene Nuss gesucht hat. Als dann auch noch die Eisküsten zerbrechen, werden Manny, Diego, Sid und Granny vom Rest der Herde getrennt. Als wäre das nicht genug, treiben sie auf einer Eisscholle aufs Meer hinaus – bis sie von einem affigen Piraten namens Kapitän Gutt gefunden werden. Woraufhin die ganze Truppe entführt wird und sogar Granny sich langsam um ihre Gesundheit sorgen machen muss, während die zurückgebliebenen Herdentiere vor den sich verschiebenden Landmassen flüchten müssen …