Bayek von Siwa ist Medjay. Ein dem Pharao verschworener und an ihn gebundener Diener des Volks, der sich verpflichtet hat seiner Heimat und seinem Volk (und seinem Pharao) ohne Unterlass zu dienen und zu helfen. Glücklicherweise beinhaltet das eine sehr gute Kondition und den Umgang mit jeder nur erdenklichen Waffe. Bayek hat auch einen trainierten Falken namens Senu, die ihm durch Erkundungsflüge aushilft, wenn Not am Manne ist. Seine Frau Aya steht ihm in nichts nach und ihr gemeinsamer Sohn Khemu soll eines Tages in die Fußstapfen seines Vaters treten.

Aber alles kommt ganz anders und plötzlich sieht sich Bayek mitsamt Aya auf einem Rachefeldzug gegen eine Gruppe maskierter Hintermänner, die ihm das Wichtigste im Leben genommen haben. Nach und nach kommen die beiden allerdings dahinter, dass diese Handlanger einen ganz anderen Plan verfolgen und Bayeks Familie ihnen nur zufällig im Weg war.

Pech, denn Bayeks Hass ist so groß, dass er seine Peiniger durch ganz Ägypten verfolgt und seine Frau Aya ist genauso, wenn nicht sogar mehr, bestrebt, Vergeltung zu bekommen.

In der Gegenwart hat Leila Hassan (Mitarbeiterin von Abstergo) einen Weg gefunden, wie sie ohne Verbindung zur Blutlinie den Animus nutzen kann und diesen auch gleich mobil gemacht. Dumm nur, dass ihre Forschung von den Templern nicht geschätzt wird und sie plötzlich ihre Loyalitäten infrage gestellt sieht. Wäre sie vielleicht bei den Assassinen besser aufgehoben?

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