Die Handlung beginnt sieben Jahre nach dem ersten Ausbruch des T- Virus aus der Umbrella Corporation. Racoon City wurde durch einen von der Regierung angeordneten Atomschlag vernichtet und die Ausbreitung des Virus gestoppt. Eine Antibioterrorismus Einheit wurde als Konsequenz der Katastrophe gegründet. Alles scheint wieder in Ordnung zu kommen, wäre da nicht die pharmazeutische Firma „WilPharma“, die angeblich illegale Menschenversuche im Zuge ihrer Forschungen durchführen.
Auf einem Flughafen in der kleinen Stadt, in der sich der Hauptsitz von WilPharma befindet, kommt es schließlich zu einem plötzlichen Angriff von infizierten Menschen. Wie konnte es dazu kommen? Ist der T- Virus nicht vernichtet? Steckt ein Anschlag von Terroristen dahinter? Gibt es ein Gegenmittel? Leon S. Kennedy und Claire Redfield bleibt nicht viel Zeit um das Rätsel zu lösen und ein weiteres Unglück zu verhindern.