200 Jahre nachdem Ellen Ripley (Sigourney Weaver) auf dem Gefängnisplaneten ihr Ende gefunden hat, erwacht sie wieder. Alles ist anders, alles ist neu. Vor allen neu ist die Tatsache, dass sie nicht die „echte“ Ripley ist, sondern ein Klon, der erschaffen wurde, um das Alien-Embryo, dass sie in sich trug, wenn möglich, entfernen und aufziehen zu können. Dass dabei einiges schief gehen kann ist wohl klar und langsam aber sich bemerkt Ripley, dass sie selbst nicht mehr zu einhundert Prozent menschlich ist.
Zeitgleich kommt Annalee Call (Winona Ryder) mit ihren Raumpiraten-Kollegen auf die Forschungsstation und liefert ihre Fracht ab. Was sie aber nicht ahnen, ist, dass die Aliens (den ein Embryo war nicht genug) auf der Station sind und ausbrechen. Aber Annalee hat ein Geheimnis und einen ganz besonderen Grund, genau zu diesem Zeitpunkt auf dieser Station mit Ripley zu sein.