Mutationen sind der Schlüssel zu unserer Evolution. Sie haben es uns ermöglicht, uns von einzelligen Organismen zur komplexesten Spezies auf dem Planeten zu entwickeln. Dieser Prozess erstreckt sich für gewöhnlich über große Zeiträume, aber alle paar Jahrtausende macht die Evolution einen Sprung nach vorne. Immer öfter finden sich Menschen mit besonderen Fähigkeiten – Mutanten.
Eric Lensherr (Ian McKellen), auch als Magneto bekannt, ist einer von ihnen und überzeugt, dass es Krieg geben wird zwischen den Mutanten und den „normalen“ Menschen. Professor Charles Xavier (Patrick Stewart) auf der anderen Seite setzt sich für Anerkennung und Akzeptanz ein. Als Magneto und seine Bruderschaft (in erster Linie bestehend aus Sabretooth (Tyler Mane), Mystique (Rebecca Romijn) und Toad (Ray Parker)) ein Attentat auf die Anführer der freien Welt planen, liegt es an Xavier und seinen X-Men (unter anderen bestehend aus Jean Grey (Famke Janssen), Cyclops (James Marsden), Storm (Halle Berry) uvm.) das Schlimmste zu verhindern.
