Ohne Rücksicht auf Verluste bahnt sich in „Prototype 2“ der Militärler James Heller seinen Weg durch New York. Wie schon im ersten Teil des Action-Krachers sind es Hellers überbordende Superkräfte, die nicht nur für ein riesiges Gemetzel, sondern auch für nackte Unterhaltung sorgen. Einzige Bedingung, um „Prototype 2“ als das, was es ist, zu genießen, ist, das eigene kritische Denken (und etwaige Gefühle der Empathie mit unschuldigen New Yorker Passanten) ein wenig zurückzuschrauben und sich auf das Feuerwerk einzulassen, das sich in rasanter Geschwindigkeit vor den eigenen Augen entfaltet.
Über den Plot gehen die Meinungen auseinander, zumindest erwecken Rezensionen wie diejenige auf der IGN-Webseite diesen Anschein. Die erzählte Handlung sei brüchig, heißt es dort; man kaufe es Heller nicht ab, angesichts seines rüden Auftretens jemals eine Familie gehabt zu haben; außerdem bleibe unklar, weswegen der vermeintliche Hauptgegner James Mercer eigentlich auf die Idee kommt, Heller mit übermenschlichen Fähigkeiten auszustatten, wo dieser doch Mercer einen Kopf kürzer machen wolle.