Im Jahr 1274 wird die Insel Tsushima von den Mongolen überfallen. Unter Führung des Generals Khotoun Khan, ein Verwandter von Genghis Khan, will die Armee die Insel unter ihre Kontrolle bringen, um von dort aus das Festland anzugreifen.
Die unterlegenen Samurai stellen sich der gegnerischen Übermacht, werden aber im Kampf aufgerieben, vor allem auch dadurch, dass die Samurai ehrenvoll Mann gegen Mann kämpfen wollen, während die Mongolen alle Tricks nutzen, die ihnen einfallen.
Wie es scheint hat nur der Samurai Jin Sakai das Gemetzel überlebt. Sein Onkel war der Herrscher auf der Insel, dieser scheint sogar überlebt zu haben, aber er wurde von Khotun Khan entführt. Jin schwört, seinen Onkel Shimura zurückzuholen und unter der Leitung der Diebin Yuna plant er seinen Feldzug aus dem Schatten, ganz entgegen den ehrenvollen Tugenden, die ihn sein Onkel Shimura gelehrt hatte.
Während Jin immer mehr mit den Methoden kämpft, die er anwenden muss, um eine Chance zu haben, macht er sich auf der Insel einen Namen und er wird als „Der Geist“ bekannt. Aber Gewissensbisse regen sich: Selbst wenn er Tsushima von den Mongolen befreien kann … kostet dieses ehrlose Verhalten ihn nicht vielleicht seine Seele?
