Wir schreiben das Jahr 1992. Nach seinem jahrelangen Kampf für die Rechte der Mutanten, ist Professor Charles Xavier (James McAvoy) endlich am Ziel seiner Träume angekommen. Seine X-Men werden als Helden gesehen und er hat ein Telefon mit einer direkten Leitung zum Präsidenten der Vereinigten Staaten.
Als bei einer Rettungsmission eines Shuttles im Weltraum etwas schiefgeht, wird Jean Grey (Sophie Turner) einer kosmischen Energie ausgesetzt, die sie eigentlich töten hätte müssen. Stattdessen hat sie die gesamte Energie in sich aufgesaugt. Als sie wieder auf der Erde zurück sind, beginnt Jean immer wieder, die Kontrolle über diese enorme Kraft zu verlieren…