Es ist soweit. Die Bedrohung ist real und niemand kann mehr leugnen, was Commander Shepard und seine Begleiter bereits wussten. Die Reaper sind da. Ein Großangriff auf die Erde findet statt und trotz aller Warnungen ist niemand auf deren Durchschlagskraft vorbereitet. Nur knapp kann Shepard mit der Normandy entkommen und nur von der Ferne zusehen, wie seine Welt langsam aber sicher untergeht.
Damit das nicht passiert kann nur eines helfen: Alle Völker der Galaxis vereinen und die Angreifer zurückschlagen, im besten Fall vernichten. Also macht sich Shepard mitsamt seiner Crew auf und versucht alle Rassen zu vereinen. Eine schier unlösbare Aufgabe, aber vielleicht kann ein gemeinsamer Feind ja schaffen, was Jahre an Verhandlungen nicht geschafft haben …