Metro 2033 hat geendet, wie es geendet hat. Vermutlich schlecht. Zumindest ist dieses Ende der offizielle Kanon. Und jetzt schlägt Artyom sich mit Schuldgefühlen herum, weil … nun, weil er eben gemacht hat, was er gemacht hat.
Als an der Oberfläche ein junger Dark One auftaucht, bekommt Artyom den Befehl ihn zu töten. Begleitet von der Scharfschützin Anna macht er sich auf den Weg und scheitert. Er wird vom „Reich“ gefangen genommen, kann mit einem „Roten“ namens Pavel fliehen und … deckt eine Verschwörung auf, welche die gesamte Metro ins Chaos stürzen könnte, denn es passieren Dinge da unten, die nicht vorstellbar sind: Angriffe mit biologischen Waffen. In einem geschlossenen System wie der Metro. Artyom muss alles daran setzen, um das vorstellbar Schlimmste zu verhindern …