Citadel „war“ eine globale Spionageagentur, die außerhalb der Regeln bekannter Organisationen wie etwa der CIA oder NSA agiert. Viele Jahre zogen sie so im Hintergrund die Fäden und haben zahlreiche Katastrophen verhindert. Eines Tages wurden sie jedoch verraten, offensichtlich von einem Unbekannten aus den eigenen Reihen. Die meisten Agenten starben durch die Hand des Verbrecher-Syndikats Manticore.
Den restlichen Agenten wurde von Citadel selbst aus Sicherheitsgründen mittels implantierten Chip, das Gedächtnis gelöscht. Acht Jahre schon lebt Mason Kane (Richard Madden) nun als Kyle mit seiner Frau Abby (Ashleigh Cummings) und der gemeinsamem Tochter zusammen, ohne sich an seine Zeit als Agent zu erinnern. Als eines Tages jedoch der Hacker von Citadel namens Bernard (Stanley Tucci) auf ihn aufmerksam wird, ist es mit dem ruhigen Leben schlagartig vorbei…