Das Syndikat ist auf der Suche nach Litvenko (Ciaran Hinds), dem Kopf hinter dem „Agent“-Programm, welches den gentechnisch erzeugten Auftragsmörder mit dem Codenamen 47 (Rupert Friend) erschaffen hat. Da Litvenkos Tochter Katia (Hannah Ware) die einzige zu sein scheint, die auch nur einen blassen Schimmer hat, wo dieser sich befindet, wird der Agent John Smith (Zachary Quinto) auf sie angesetzt.
47 ist auf dem Weg und er schließt seine Aufträge immer ab. Manchmal still und heimlich, manchmal laut und explosionsartig. Was Katia aber nicht weiß, ist, dass sehr viel mehr in ihr steckt, als eine verängstigte, ihren Vater suchende, junge Frau …