Nachdem die Naytibas auf der Erde aufgetaucht sind, haben sich die Menschen zurückgezogen. Sie wurden beinahe vernichtet. Aber jetzt ist der Tag der Befreiung – denken sie. Eine ganze Armee an EVE-Airborne-Soldatinnen wird über Eidos-7 (früher bekannt als Erde) abgeworfen und soll sich bis zum Elder-Naytiba durchkämpfen, denn irgendwo muss es das Nest geben – den Ursprung der Naytibas (entstellte, mutierte Monster).
Aber alles geht schief – am Ende steht EVE allein da und wird nur durch Zufall von Adam gerettet und die beiden machen einen Deal: Eve hilft ihm, Zugang zu geheimen Daten und einer Hyperzelle (eine unglaublich kraftvolle Energiequelle) zu bekommen, dafür hilft er ihr einen Alpha-Naytiba (die den Schlüssel zum Elder-Naybita enthalten) zu finden, denn sie will ihre Mission um jeden Preis erfüllen.
Während ihrer Reise treffen sie auch auf Lily, eine weitere Überlebende des Airborne-Squadrons, welchem auch Eve angehörte – umso besser, dass die Dame Mechanikerin ist.
Aber nach und nach tauchen Zweifel auf. Eve finden Botschaften von jenen, die vor ihr bereits diesen Versuch gestartet haben. Es scheint nicht alles so zu sein, wie ihr und ihren Kolleginnen erzählt wurde. Und als Adam ihr dann auch noch eröffnet, dass es eine Menschenstadt auf Eidos-7 gibt, da kann Eve kaum glauben, was sie hört und sieht. Aber auch in dieser Stadt – Xion genannt – scheint nicht alles, wie es scheint …
