Vor 28 Jahren gab es eine Rebellion sämtlicher Systeme, die von künstlicher Intelligenz gesteuert wurden. Dabei starben über 3 Millionen Menschen und der Anführer dieses Aufstandes, ein humanoider KI-Terrorist namens Harlan (Simu Liu), ist mit seinen Leuten auf einen unbekannten Planeten geflüchtet.
Atlas Shepherd (Jennifer Lopez) war damals noch ein kleines Mädchen und Harlan wurde von ihrer Mutter erschaffen, weswegen die Analytikerin ihr ganzes Leben damit verbracht hat, die Schöpfung ihrer Mutter aufzuspüren und zu vernichten. Nachdem ein Handlanger von Harlan gefangen genommen wurde und General Jake Boothe (Mark Strong) Shepherd zu sich zitiert, scheint ihre Chance endlich gekommen zu sein…