Mario und Luigi leben weiterhin im Pilz-Königreich und helfen da und dort, wo sie halt können. Aber das Sagen hat trotz allem Peach. Als die beiden einer dubiosen Meldung nachgehen, finden sie in einer alten Pyramide einen Yoshi. Der ist nett und schließt sich ihnen gleich mal an.
Die Verstärkung ist auch gut, denn Bowser Junior, der seinen geschrumpften Vater aus dem Schloss von Peach und den Fängen von Mario und Luigi retten will, taucht auf und er entführt Rosalina. Diese hat die Macht das Universum zu verändern ist die Mutter aller Sterne. Bowser Junior will ihre Macht nutzen um seinen Papa stolz zu machen und bedroht damit mehr oder weniger das ganze Universum.
Das kann Peach nicht zulassen und sie macht sich mit Toad auf den Weg, um für Ordnung zu sorgen. Mario und Luigi und Yoshi bleiben derweil Zuhause und sorgen für Ruhe im Königreich. Oder zumindest haben sie das vor, denn Bowser Junior ist gewitzt und überfallt in deren Abwesenheit Peachs Schloss …









