Diclonius sind Menschen, die mit zwei Hörner und vier zusätzlichen, unsichtbaren, Armen geboren werden. Diese Wesen werden entweder direkt nach der Geburt getötet oder sie werden in einem Labor untergebracht, wo sie gefangen gehalten werden und Experimente an ihnen durchgeführt werden, denn man ist der Ansicht, ihre Mission sei es, die gesamte Menschheit zu vernichten.
Lucy ist eine Diclonius und sie kann aus ihrer Gefangenschaft entkommen, wird aber verwundet und an den Strand gespült. Durch ihre Verletzung entwickelt sie eine zweite Persönlichkeit namens „Nyu“, die wie sich ein Kleinkind verhält und auch der Sprache nicht wirklich mächtig ist. Sie wird von Kohta, der seine Schwester durch eine mysteriöse Krankheit und seinen Vater bei einem Unfall verloren hat, und seiner Freundin Yuka gefunden und die beiden nehmen Lucy/Nyu bei sich auf.
Aber das Militär sucht sie und will sie um jeden Preis finden, denn sie ist viel zu gefährlich, um in Freiheit herumzulaufen. Während Nyu jedoch bei Kotha und Yuka wohnt, lernt sie mehr und mehr, dass Menschen vielleicht doch auch liebenswürdig sein können … außerdem verbindet Kohta und Lucy mehr als Kohta ahnt …
