Nach ihrem Besuch in Wunderland hat Alice Kingsleigh (Mia Wasikowska) die letzten Jahre damit verbracht mit ihrem Schiff, der Wonder, die Welt zu bereisen. Wieder zu Hause muss Alice feststellen, dass ihre Mutter Helen (Lindsay Duncan) das Haus der Familie an Lord Hamish Ascott (Leo Bill) überschrieben hat, der es wiederum gegen Alices Schiff tauschen will.
Doch es bleibt keine Zeit sich darüber Gedanken zu machen, denn Alice bekommt Besuch von Absolem (Alan Rickman). Die Bewohner des Wunderlandes benötigen ihre Hilfe, da der verrückte Hutmacher (Johnny Depp) scheinbar im Sterben liegt. Um ihn zu retten muss Alice herausfinden, was mit dessen Familie passiert ist und nimmt dazu die Hilfe der Zeit in Anspruch.