Nachdem er bei seinem letzten Kampf seine große Liebe Jean Grey (Famke Janssen) töten musste, lebt der Mutant Logan (Hugh Jackman) einsam und alleine, wie ein Tier in den kanadischen Wäldern. Starke alkoholische Getränke und Visionen von Jean sind dabei seine einzigen Begleiter. Eigentlich hat er keinen Lebenswillen mehr und möchte nur mehr all seine falsch getroffenen Entscheidungen vergessen.
Als ihn die geheimnisvolle Yukio (Rila Fukushima) aufspürt und zu einem Treffen mit einem alten Bekannten nach Japan einladet, sagt er zunächst nur widerwillig zu. Was ihn dann aber erwartet, weckt Logans Lebensgeister wieder und das gleich in mehrerer Hinsicht. Dies ist aber leider kein Grund zum Feiern, denn seiner Selbstheilungskraft beraubt steht er nun vor dem tödlichsten Abenteuer, dass er je bestehen musste.